Το Γεωπάρκο Μετεώρων – Πύλης διαθέτει οργανωμένο Σύστημα Διοίκησης, το οποίο έχει ως στόχο την παρακολούθηση, τον συντονισμό και την υποστήριξη της λειτουργίας και ανάπτυξής του.

Α. Επιτροπή Συντονισμού και Παρακολούθησης

Στην Επιτροπή Συντονισμού και Παρακολούθησης, συμμετέχουν οι βασικοί θεσμικοί φορείς της περιοχής του Γεωπάρκου. Η συνεργασία των φορέων αυτών διασφαλίζει την ορθή λειτουργία του Γεωπάρκου, την προστασία και ανάδειξη της γεωλογικής και φυσικής κληρονομιάς, καθώς και την προώθηση δράσεων βιώσιμης ανάπτυξης, εκπαίδευσης, έρευνας και γεωτουρισμού.

Αποτελείται από:

• τον Περιφερειάρχη Θεσσαλίας, κ. Δημήτρη Κουρέτα 
• εκπρόσωπος της Περιφερειακής Ενότητας Τρικάλων, κ. Αριστείδης Κολιός
• τον Διευθύνοντα Σύμβουλο, του Αναπτυξιακού Οργανισμού Τοπικής Αυτοδιοίκησης ΘΕΣΣΑΛΩΜΑ Α.Ε, κ. Γρηγόρη Παπαχαραλάμπους
• τον Δήμαρχο Μετεώρων, κ. Ελευθέριου Αβραμόπουλου
• τον Δήμαρχο Πύλης, κ. Κωνσταντίνου Μαράβα

Β. Συντονιστής Φορέας

Τον ρόλο του Συντονιστή Φορέα για τη λειτουργία και διαχείριση του Γεωπάρκου Μετεώρων – Πύλης έχει ο Αναπτυξιακός Οργανισμός Τοπικής Αυτοδιοίκησης ΘΕΣΣΑΛΩΜΑ Α.Ε.

Η ΘΕΣΣΑΛΩΜΑ Α.Ε. έχει τον συντονισμό της οργάνωσης και λειτουργίας του Γεωπάρκου και υποστηρίζει τον σχεδιασμό και την υλοποίηση δράσεων προβολής, γεωτουρισμού, εκπαίδευσης, ευαισθητοποίησης, έρευνας, δικτύωσης και συνεργασίας με τοπικούς και θεσμικούς φορείς.

Για την αποτελεσματική υλοποίηση των δράσεων του Γεωπάρκου Μετεώρων Πύλης, η ΘΕΣΣΑΛΩΜΑ Α.Ε. συνεργάζεται με την Περιφέρεια Θεσσαλίας και τους Δήμους Μετεώρων και Πύλης.

Γ. Επιτροπή Διαβούλευσης

Στο πλαίσιο της συμμετοχικής λειτουργίας του Γεωπάρκου προβλέπεται και η λειτουργία της Επιτροπής Διαβούλευσης, με τη συμμετοχή εκπροσώπων της τοπικής αυτοδιοίκησης και φορέων που σχετίζονται με την ανάπτυξη, τη λειτουργία και τη διαχείρισή του.

Η διαρκής Επιτροπή Διαβούλευσης ασχολείται με θέματα ανάπτυξης, λειτουργίας και διαχείρισης του Γεωπάρκου, και  μέλη της είναι:

• Ελευθέριος Αβραμόπουλος, Δήμαρχος Μετεώρων, εκπρόσωπος Δ. Μετεώρων
• Φώτιος Καραθανάσης, Αντιδήμαρχος Τουρισμού, εκπρόσωπος Δ. Μετεώρων
• Δημήτριος Δαλαμάγκας, Περιφερειακός Σύμβουλος, εκπρόσωπος Περιφέρειας Θεσσαλίας
• Κωνσταντίνος Μαράβας, Δήμαρχος Πύλης, εκπρόσωπος Δ. Πύλης
• Κωνσταντίνος Πλαστήρας, Αντιδήμαρχος Τουρισμού, εκπρόσωπος Δ. Πύλης

Μπορεί να έχει διευρυμένη σύνθεση και να συμμετέχουν δημόσιοι φορείς, συλλογικοί και επιστημονικοί φορείς, εκπρόσωποι επαγγελματικών φορέων, οργανισμών, συλλόγων και λοιπών σχημάτων που εμπλέκονται άμεσα ή έμμεσα με την ανάπτυξη, λειτουργία και διαχείριση του Γεωπάρκου.